Они (налоговая) и раньше так считали. Только налоговый агент платил налог по каждой базе отдельно, а налоговая считала от совокупного дохода и всё, что свыше 5 млн. облагала по ставке 15%, довыставляя налог физику.
Сейчас уже налоговые агенты будут считать совокупный доход и всё, что свыше 5 млн. облагать по ставке 15%. Это в общем то не избавляет физика от доплаты НДФЛ в конце года, если у него несколько работодателей.