Файл nginx.conf — это главный конфигурационный файл. Каталог sites-available содержит файлы конфигураций виртуальных хостов. Каждый отдельный файл хранит информацию об определенном сайте. Это его имя, IP-адрес и другие данные. Каталог sites-enabled, в свою очередь, состоит только из конфигураций активных сайтов. Только из директории sites-enabled читаются файлы конфигурации для виртуальных хостов. Также в ней хранятся ссылки на sites-available. Такая структура позволяет временно отключать сайты без потери их конфигураций.