Второй вариант имеет право на жизнь, что подтверждается представителем Яндекса в одном из обсуждений «Клуба о поиске Яндекса». Но если на вашем сайте в категории огромное количество товаров, которые будут выведены на одной странице, это может создать сложности для индексации и верного восприятия содержимого страницы. К тому же, таким образом вы даете понять поисковикам, что именно эту страницу необходимо ранжировать, а значит в поиске будет появляться именно она, и при переходе на нее пользователи будут долго ждать полной загрузки. Получается, что пагинация не будет выполнять своей функции. Поэтому такой способ применим только для небольших каталогов.
Индексация пагинации способствует сканированию сайта поисковыми роботами. Например, они получают доступ к страницам товаров, ссылки на которые идут только со 2..N страницы пагинации.
Вы можете возразить, что для этого есть xml карта сайта, но по опыту наличие ссылки на товара с сайта (с пагинации) ускоряет индексацию.
Ну и при полном закрытии пагинации, нарушается естественное распределение ссылочного веса по сайту, что тоже не очень хорошо.
К тому же настроить пагинацию, как указано в рекомендациях не так уж и сложно, всего пара часов работы программиста.