Первое и самое основное различие связано со стадией развития принимаемых проектов: в инкубаторы обычно идут стартапы на стадии идеи, когда основатели проекта только-только начинают обсуждать будущую бизнес модель, искать команду единомышленников, изучать рынок, продумывать архитектуру реализуемого решения. В свою очередь акселераторы берут более зрелые стартапы — обычно на стадии прототипа или MVP или при условии наличия первых пользователей, желательно, конечно, еще и платящих.
А вот ещё есть такой формат, как стартап-студия. Его сейчас активно обсуждают. Вы про это что-то знаете?