Постараюсь объяснить.
Есть программа "ПО-1". Если Вы вносите свой вклад в OpenSource-проект, то будете автором и по общему правилу правообладателем программы "ПО-1 + N". Если авторство (личные неимущественные права) у Вас будет в любом случае, то с исключительными (имущественными правами) сложнее. Есть служебные произведения — если в компании создали "ПО-1+N" в рамках трудовых обязанностей, то исключительные права с момента их возникновения будут у работодателя, если иное не оговорено в договоре.

Объясните, как это должно работать?

1. Есть какой-то проект, opensourse, и я, как разработчик Рамблера решил его использовать для решения бизнес-задач Рамблера - ок.

Аналогия неверная. Продукта opensourse не существовало. Он был создан для решения бизнес-задачи.

Но если права на проект изначально мои - и дорабатывал я свой проект, чтобы решить задачи Рамблера - что это меняет?

Если никакие ресурсы Рамблера не использовались, то не меняет ничего. Если использовались, то продукт уже не на 100% ваш. 

Ситуация спорная, но если бы она была 100% ясной не было никаких оснований для исков, а они, как мы видим есть.