Иногда при проведении аудита выявляются факты хищений или мошенничества. Например, при проведении аудита нами был выявлен факт присвоения денежных средств бухгалтером по расчету заработной платы, которая одновременно занималась и выплатами, что категорически противоречит принципам системы внутреннего контроля. В случаях нарушения системы внутреннего контроля (или если данная система отсутствует как факт), а так же в ряде других случаев, например, если выявляются подозрительные сделки, сделки с заинтересованными лицами и т.д. аудитор обязан информировать лицо, ответственное за корпоративное управление и/или собственников бизнеса. Внутренний аудит не всегда может обеспечить независимый взгляд в силу того, что может быть заинтересован в сохранении статус-кво, или боясь пойти на конфликт с руководством.