А как еще? Если ПО не опен сорсное, то никогда точно не знаешь. И вполне нормально, если доводы истца весомые, провести проверку в поисках нарушений.
Пример: взломали вы винрар, приделали ему красивый скин от винамп классик. Обфусцировали все к хуям. Как теперь разобрать, ваш это продукт или пизженный винрар со скином винампа?
Тоже самое может быть не с готовым продуктом, а, например с библиотекой. Или любой другой интеллектуальной собственностью.

Тут целые государства свою внешнюю политику строят на принципе "хайли лайкли", а тут какие-то программисты

Не на всякий случай. Скорее всего, Касперский точно знал, что использовались разработанные у него куски кода - благо это можно посмотреть даже в скомпилированном коде.

Но в исках всегда используются такие предположительные формулировки - потому как решения суда нет, значит установленного факта нет. Во избежание юридических проблем, не стоит в заявлениях высказывать тезисы как факты, даже если вы в них уверены.

Отсюда же журналисты в сообщениях о преступлениях всегда говорят типа "по версии следствия - подозреваемый сделал так-то".