Игорь, 

Применительно к описанному случаю, складывается впечатление, что за рамками текста судебных актов остался важный контекст о «некорректном» поведении налогоплательщика, которое и послужило реальной причиной для отказа в возмещении.
Из доступного нам видно, что в одном из дел налогоплательщик предпринял определённые действия для перехода на ОСН в середине года. Не исключаем, что совершались и иные злоупотребления, которые не получили отражение в тексте постановлений. 

Если опустить вопрос возможных злоупотреблений, то в данных делах очевидно проглядывается негативное отношение налоговой и судов к финансированию посредством займов. Выбор безвозвратного способа передачи средств, например, в виде вклада в имущество, лишает инспекцию важного аргумента: налогоплательщик строил за счёт чужих средств, которые не смог бы вернуть в срок в любом случае. Ну и конечно у налогового органа не должно быть аргумента, что фактически деятельность ведется одной компанией. Каждое юр.лицо должно иметь штат сотрудников, понятную цель создания и бизнес-план для дальнейшей деятельности.
С учетом этого функционирование в группе компаний единого Центра финансирования будет обоснованно.