Если концептуально, насколько я понял продукт Papier, то ни в чем кроме того, что Papier надо ставить как отдельное расширение для браузера, а Zen просто открывается по определенному урлу.

Если в деталях, то в Zen мы добавили поддержку маркдауна, кастомизацию шрифта (в дополнение к кастомизации фона), опциональные звуки печатающей машинки, поддержку печати и сохранения текста на диск.

В целом, никакие из эти продуктов не являются чем-то принципиально новым и имеют огромное количество аналогов как в вебе, так и среди десктопных приложений. Разница как правило в мелочах, которые для кого-то важны, а для кого-то нет.