Следует отметить, что решающую роль в функционировании ЕБС будет исполнять Федеральная служба безопасности. Именно с ФСБ все остальные субъекты правительства будут согласовывать нормативные акты, направленные на изменения или решения вопросов, связанных с функционированием ЕБС. Так же, данный закон не будет распространяться на отношения, возникающие при оперативно-розыскной работе, разведывательной и контрразведывательной деятельности, связанные с обороной страны и охраной правопорядка, миграционным контролем, реализацией внешней политики и контролем обращения документов, удостоверяющих личности. Однако, силовым структурам будет предоставлен доступ к данным из ЕБС в случаях: обеспечения обороны страны и безопасности государства, охраны правопорядка и транспортной безопасности, противодействии терроризму.