Под словами «продажа через маркетплейс» могут подразумеваться разные схемы работы, но можно однозначно сказать, что при розничной продаже идентификатор товара передается в составе реквизитов кассового чека. Если в вашем бизнес-процессе формированием чека онлайн-кассы занимается маркетплейс, то это он будет передавать информацию о маркировке в гос. органы. Скорее всего, ваш маркетплейс не занимается отгрузкой товара и физически не может отсканировать Data Matrix, поэтому нужно будет озаботиться тем, как передать в маркетплейс коды маркировки.