Пополнить с карты можно сразу кошелек (их баланс с картой одинаковый), в приложении никакой комиссии за это не будет :) При пополнении кошелька со Сбербанка Онлайн комиссии тоже нет: https://yandex.ru/support/money/add/via-banking.html