Влияние наличия вирусов на SEO-продвижение негативное. Если сайт не исключат из выдачи полностью, то сильно понизят в позициях. Кроме того, при переходе из поисковых систем пользователям будут показывать предупреждение, что сайт распространяет вредоносное ПО.