Наверное, для того, чтобы не увеличить долю пиратского контента, на борьбу с которым итак было потрачено немало (бюджетных?) средств?

Повлияют ли эти изменения на выплаты разработчикам, пока неизвестно.

Повлияют конечно, с чего вдруг Apple и Google будут платить НДС из своего кармана

(Перекосило коммент, редактирование не помогает)

Они и раньше не платили.

НДС за Apple платят разработчики. Даже если у вас ИП на УСН, НДС с комиссии Apple всё равно платить вам.

Так написано в Apple Developer Agreement, с которым необходимо согласиться, чтобы начать продавать через App Store.