1) О! Еще одна CMS, которая комитит в репу папочку vendor:)
Зачем вы так делаете, в чем смысл? Почему composer install для вас не есть отдельный шаг при деплое/инсталле пользователем?

2) PSR не ночевало в вашем проекте, абстракции в прочем тоже.

3) Я не совсем понимаю зачем делать такую титаническую работу в отрыве от популярных фреймворков. Ну не нравится вам фреймворки, ну программируйте бизнес-логику во framework-agnostic стиле — clean architecture вам в помощь. Но куда там, надо обязательно гвоздями все детали прибить к абстракциями и бизнес-логику размазать по всем слоям.
Не, если вы это для резюме делаете, то зря, с таким кодом в приличное место вас не возьмут.

4) В жопу человекопонятную структуру проекта, у нас будет куча папочек, а в ней другая куча папочек с названиеми типа model, work, а model/classes это вообще шедевр.

Господи, как будто и не было 10 лет развития языка, тулзов и бестпрактисов, какой-то кромешный адищще в коде. Всё очень низкоуровневое и костыльное.

Upd В догонку.
Нету тестов и как это должно работать — без тестов вообще нихуя не ясно. Это вы разработчикам предлагаете изучить всё ваше поделие, чтобы его знать, да? Ну типа wordpress way.