Флаг университета состоит из четырёх равных частей. Первая (верхняя у древка) часть — голубая, вторая (нижняя у древка) и третья (верхняя у свободного края полотнища) — белые, четвертая (нижняя у свободного края полотнища) — голубая. В центре крестообразного пересечения полотна помещена эмблема (герб) НИУ «БелГУ».