Если геном это сумма всех генов организма, то эпигеном представляет собой совокупность эпигенетических модификаций — факторов не меняющих последовательность оснований в ДНК, но от которых зависит работа генов. К ним относят, например, метилирование, гистоновые модификации, ацетилирование, фосфорилирование и т.д.