Первым аргументом против добавления специальных бактерий в станцию очистки является то, что они не обладают высокой стойкостью к агрессивным условиям, которые присутствуют в процессе очистки стоков. Это связано с тем, что такие бактерии обычно не являются естественными обитателями очистных сооружений и не приспособлены к высоким концентрациям загрязнений и другим неблагоприятным условиям. Таким образом, они могут не выжить в данных условиях, что приведет к снижению эффективности очистки стоков.