Одним из направлений деятельности Межрегионального центра по делам детей является осуществление научно-исследовательской деятельности, в рамках которой осуществляется выполнение научно-исследовательских работ в сфере образования и работы с детьми, научно-методическое обеспечение образовательной деятельности, а также экспериментальная и инновационная деятельности в области образования и спорта.