Формула расчета проста:
Вы купили вагон картошки за 100 р., в ее цене был НДС (так и платили, в том числе НДС) – 20 р.
Вы купили мешки для фасовки картошки, тоже за 100 р., в т.ч. НДС 20 р.
Вы продали картошку в мешках, всего на 300 р, в т.ч. НДС 60 р.
Вот вы продали, и с тех пор должны эти 60 рублей заплатить в бюджет. Но ведь вы покупали с НДС? Значит, можете вычесть НДС, который уже заплатили при покупке (60 – 20 – 20 = 20 р.). К оплате 20 р. НДС (то есть, только разница).
А вот если у вас услуги, и вы платили только зарплату, то вычетать нечего, и заплатить придется полную сумму НДС.