Конечно если Вы пойдете к работодателю требовать пересчет заработной платы за прошлых 2-3 года, возникнет конфликтная ситуация, но это Ваше право, требовать то что Вам полагается по закону. В итоге сотрудник должен решать, обращаться ли за индексацией к работодателю. Отношения с руководством у всех разные и работодатель может пойти Вам на встречу.