Три года спустя Холмс поступил в Университет штата Вермонт в Берлингтоне, но через год ушел. В 1882 году он поступил на медицинский факультет Мичиганского университета и окончил его два года спустя. Когда он был студентом там, Холмс украл несколько трупов из лаборатории, изуродовал тела и утверждал, что жертвы погибли в результате несчастных случаев, чтобы получить страховые деньги. В конце концов Холмс бросил Клару и Роберта и провел следующие годы, работая на разных работах и совершая новые аферы. Он переехал в Муэрс-Форкс, Нью-Йорк, и его видели с маленьким мальчиком, который позже пропал. Холмс утверждал, что мальчик вернулся к себе домой в Массачусетс, а затем покинул город. Полиция поверила его заявлению, и никакого расследования не проводилось.