Хемотрофы играют очень важную роль в круговороте химических элементов: азота, серы, железы и т. д. В процессе их жизнедеятельности образуются залежи многих полезных ископаемых. Кроме того, являются природными усвоителями ядохимикатов – аммиака и водорода, а некоторые из них используются для очистки сточных вод.