Надо понимать, что проблема есть, и инспекция её обозначила. Значит, надо не бороться с последствиями (блокировка счёта или запись о недостоверности директора), а устранять проблему — мнение инспекции, что с компанией что-то не то. Что для этого надо?
То есть вариант, что фирма - нормально функционирующее предприятиеа, вы вообще не рассматриваете?
И зачем однодневке/отмывальщику идти в суд и выигрывать его, если у налоговой, по вашим словам, "остаётся целый набор вариантов, как осложнить фирме жизнь.