Высший орган — Совет глав государств — членов ШОС. Кроме того, действует Совет глав правительств. Используются механизмы встреч на уровне руководителей следующих министерств и ведомств: учреждений по вопросам безопасности, министерств иностранных дел, обороны, экономики, культуры, здравоохранения, образования, транспорта, чрезвычайных ситуаций, науки и техники, сельского хозяйства, туризма, промышленности, энергетики, сокращения бедности, спорта, правоохранительных и судебных органов. Координацией в рамках ШОС занимается Совет национальных координаторов. Организация имеет два постоянно действующих органа — Секретариат ШОС в Пекине и Исполнительный комитет Региональной антитеррористической структуры ШОС в Ташкенте, руководители которых назначаются Советом глав государств сроком на три года.