На это вопрос нет однозначного ответа, поэтому индивидуальные предприниматели будут принимать решение самостоятельно и нести за это ответственность. Сайт 1С, отвечает однозначно, что ИП не должен вести воинский учет, другие сайты говорят, что должен вести воинский учет. При возникновении спорной ситуации, думаю в нынешних обстоятельствах суд будет на стороне военкоматов.