Обычно соотношение APRU через неделю-две-месяц и ARPU за лайфтайм остается примерно постоянным (если не было каких-то кардинальных эффективных изменений, нацеленных на 2х или 3х месячных пользователей, например). Так что по динамике первых недель часто можно достаточно точно предсказать финальное значение. Этим в частности хвастается система аналитики Upsight - у них называется predictive LTV.
Но с подобными оценками надо быть аккуратными, ибо если траты конкретного пользователя не ограничены сверху, то ценность таких оценок невелика
Затронутая вами проблема - проблема любых длинных метрик, и простых решений этой проблемы я не знаю.
Как вам угодно
Берете группу пользователей, считаете сколько денег они потратили за время использования продукта, делите сумму денег на количество пользователей.
Вообще, LTV может расти не только при трате реальных денег, но и, например, когда клиент приводит новых пользователей.
Учился на работе :)