Основная идея письма следующая: раньше селлеры в подавляющем большинстве платили налоги не с той суммы, которую заплатил покупатель, а с той суммы, которая упала селлеру на расчетный счет. Это особенно актуально для плательщиков УСН: они налоговую отчетность и размер платежа по УСН считают, по умолчанию, из "капнувшей" на счет суммы. Однако ФНС (и кстати, как ни странно, полностью верно с юридической) считает так: сумма комиссии маркетплейсу - это тоже доход селлера. Просто селлер распорядился уже этим доходом, отдав (пообещав и все такое прочее) его маркетплейсу. Комиссия - это расход селлера (а если ты на УСН "доходы", то никак этот расход на итоговую сумму налога не повлияет. Просто раньше у ФНС не было в руках отчетов маркетплейсов, и было сложно или практически невозможно сопоставить отчетности продавцов и площадок.