С точки же зрения непрофессионализма программистов налоговой, решение вопроса вообще детское: когда проводится оплата, то сайт налоговой уже знает о том, что оплата проведена вне зависимости от того какой банк использует сайт налоговой для оплаты. И раз уж у вас в налоговой настолько убогие программисты что делают проверку оплаты лишь на следующий день, то прежде чем начислять новое пени, хотя бы проверяйте что оплата проведена!