Раньше, для того, чтоб исправить, нужно было просто найти дубли, закрыть их в robots.txt или склеить, поставив 301 редирект. Этих действий было достаточно для решения такой проблемы. Но теперь изменились алгоритмы поисковика и Яндекс считает дублями даже те страницы, на которых сквозняком расположены какие-то блоки или меню, если уникальный контент присутствует на странице в минимальном объеме.