Первая инстанция пришла к выводу ,что расчет неустойки и пени некорректен, так как основной объём работ выполнен. Соответственно при исчислении неустойки и пени нужно вычесть из суммы договора суммы выполненных работ.
Кассация же с таким подходом не согласилась.
И обратило внимание, что сторонами был согласован подход в исчислении неустоек и пени и данное условие не противоречит закону.
Делаем выводы
Если вы разбиваете внутри одного договора работы на несколько этапов с тарификацией, определяйте исчисление неустоек и пени при нарушении срока исполнения, как оставшуюся сумму работ по договору или по каждому этапу отдельно