Многие пользователи GoodbyeDPI отметили, что после обновлений системы их трафик начал полностью блокироваться. Кроме, того её использование может быть небезопасным. Некоторые антивирусные программы, такие как Kaspersky Standard, выдают предупреждения о потенциальной вредоносности GoodbyeDPI, особенно если она скачана из ненадёжных источников. Аекоторые версии утилиты, скачанные из подозрительных источников, используют ресурсы вашего устройства для майнинга криптовалюты, перегружая процессор и снижая производительность.