Сертификат юрлица сейчас не перевыпустить, все новые ЭЦП — личные сертификаты физлица.

А так - в самой процедуре ничего не изменилось. Когда срок действия ЭЦП подходит к концу, ее можно бесплатно перевыпустить в личном кабинете на сайте ФНС (для руководителей) или обратиться в УЦ (для сотрудников). Подробнее расписал в пошаговой инструкции про перевыпуск.