Про ограниченность (мягко говоря) родной аналитики в Б24 не буду спорить, хотя для базовых и средних задач можно и ее адаптировать исключительно штатными средствами)
Конкретно в Вашем примере не вижу проблем, поскольку тут вопрос в обмене данными между несколькими сделками. Это очень распространенный запрос, когда есть несколько связанных сделок, и требуется передавать данные из одних в другие (как правило из дочерних в головную). То есть, фактические даты обработки сделки в производстве/обслуживании легко отдаются в сделку продажника. А настроить поля "Планируемый дедлайн", "Фактический дедлайн" и "Сроки сорваны" - дело пары минут. После чего можно вывести отчет по просрочкам конкретного подрядчика в рамках сделки продажника или сделки производства не составит проблем.
Надеюсь, я верно понял предложенный Вами сценарий?
1) Это может быть проблемой, если пытаться заложить весь детальный жизненный цикл сделки в одну воронку (продажу, производство, контроль качества и тд). Тогда, действительно, получится портянка и "заключенная сделка" будет = "завершенная сделка". Это обычно решается созданием отдельных воронок для отдельных этапов жизни сделки.
2) А какого функционала в Б24 изначально достаточно при реализации сложных проектов?) Всё так или иначе приходится допиливать, но ведь главное, чтобы цель была достигнута?
Какого рода косяки Вы предполагаете в возможных отчетах?
Тут фича в том, что эти доп.поля заполняются автоматически и в большинстве своем, как правило, скрываются от глаз пользователя, чтобы не замыливать глаз. А выводятся уже органичными данными в рамках дэшбордов/отчетов/описаний к задачам и тд) Поэтому, да, рассматривать данный сценарий как рациональный можно лишь при соблюдении вышеуказанных условий)