Несмотря на очевидные успехи в кастомизации и масштабировании 1С, такие проекты часто сталкиваются с вызовами. Примерно 30% предприятий, которые начинают кастомизацию, сталкиваются с перерасходом бюджета или увеличением сроков реализации из-за недостаточного планирования и сложностей на этапе внедрения. Один из проектов по кастомизации 1С на машиностроительном заводе завершился на шесть месяцев позже, чем было запланировано, что привело к увеличению расходов на проект.