Для предприятий, относящихся согласно 249 ФЗ к первой категории, выдача КЭР может производиться только, если к документу приложена программа модернизации на основе наилучших доступных технологий. Фактически производится принудительное внедрение экологичных методов, оборудования, минимизирующих объемы выбросов, сбросов, отходов. Такой подход стимулирует развитие «чистых» предприятий с максимальной экономической эффективностью и закрытие устаревших производств.