Пара советов.
Для работодателей: вовремя платите и контрольте наличие бекапа вне доступности админа и программера.
Для фрилансеров: поставьте закрытый стейджинг сервер на котором будете демонстрировать работу и никогда не выкладывайте на продакшн пока не было оплаты..
Вообще, все описанные проблемы высосаны из пальца и появились из-за того что нет желания и у одних и у других организовывать нормально свою работу.
Мое мнение, в таком случае у предпринимателя должны быть резервные средства, чтобы рассчитаться по долгам с сотрудниками. Но, даже если их нет, достаточно все объяснить сотрудникам и поставить сроки в которые он погасит задолженности.