В просвечивающей электронной микроскопии(ПЭМ), напротив, перед визуализацией образец разрезается на чрезвычайно тонкие срезы (например, с использованием алмазного лезвия), и электронный луч проходит через срез, а не скользит по его поверхности. ПЭМ часто используется для получения подробных изображений внутренней структуры клеток. Электронные микроскопы, подобные приведенному выше, значительно крупнее и дороже стандартных световых микроскопов, что, возможно, неудивительно, учитывая субатомные частицы, с которыми им приходится работать!