Это хороший вопрос. У меня сложилось убеждение, что «Аэрофлот» предварительно отбирает тех пассажиров, которых он не допустит на рейс, и руководствуется следующими принципами:
- это должен быть одиночный пассажир (все недопущенные на мой рейс были одиночными пассажирами)
- это должен быть не транзитный пассажир (подавляющее большинство пассажиров на рейсе Гавана-Москва были европейские транзитники, никто из них не пострадал)
- это должен быть человек без привилегированного статуса в системе Аэрофлот-бонус. Я должен был лететь рейсом с моими друзьями - семейной парой, у которой серебряный статус в аэрофлоте. Мы одновременно подошли на две стойки регистрации в Гаване. Их зарегистрировали на рейс, а меня отказались.

представитель Аэрофлота говорил, что люди, которые подходили на рейс после меня и успешно получали посадочные, зарегистрировалось онлайн, но я спрашивал этих людей и они говорили, что они не регистрировались. Тем более в Гаване проблематично выйти в интернет и я не верю, что все поголовно регистрировались онлайн. 

кто первый встал, того и тапки.