Предположим, что вы пересчитали усн за 2018 год из-за пресловутого 1%, получилось что усн надо доплачивать 100 руб. . Срок оплаты усн за 2018 год - апрель 2019 года. Как раз с этого срока и считается просрочка. И так ща следующие года по аналогии. Получается, что эти 100 рублей вы не платили 3 года, т.е. Пеня будет за этот срок, с учетом особенностей начисление пени по налогам. Налоги считаются не совокупно, а каждый в отдельности. Переплата по одному не освобождает от оплаты другого ( исключение -  проведение специальной процедуры зачета) . Простите, но я не могу пояснить понятнее. Очень надеюсь, что смогла вам помочь.