Если налоговая отказалась вернуть деньги или проигнорировала второе заявление, подавайте жалобу в Федеральную налоговую службу. Она руководит всеми налоговым инспекциями. Подать жалобу можно через личный кабинет. Зайдите в раздел «Обратиться в налоговый орган», выберете пункт «Написать обращение» и следуйте инструкции.Если это не Межрегиональная инспекция по крупнейшим налогоплательщикам, то надо обращаться не в центральный аппарат, а в УФНС по региону как вышестоящий налоговый орган по отношению к территориальным инспекциям. Толку не будет в обращении в центральный аппарат поскольку он всё равно просто перенаправит в Управление по региону жалобу.
Сам центральный аппарат будет рассматривать жалобу если она будет подана на действия/бездействие УФНС по региону, а не территориальных инспекций.
И это не касается регионов где налоговая перешла на двухуровневую систему, в таких регионах жалоба подаётся в Межрегиональную ИФНС по федеральному округу как вышестоящий НО (в зависимости от региона который перешёл на двухуровневую систему).

Если жалоба на инспекцию = подаётся в УФНС по региону
Если жалоба на УФНС = подаётся в центральный аппарат
Если жалоба на УФНС где двухуровневая система (т.е. регион где ликвидированы налоговые инспекции, таких уже 13) = подаётся в Межрегиональную ИФНС по федеральному округу