Самозанятый платит с полной суммы и не может вычитать из дохода свои расходы- например если человек печет торты и продаёт их по 1000руб, а тратит на ингридиенты 300руб, то всё равно он оплатит налог с 1000, а не с 700. Так же и вы тратитете деньги на комиссию Яндекса, это ваши расходы на "ингридиенты". Режим самозанятости не подразумевает налоговый вычет за комиссию. Единственный вопрос к ценообразованию- По идее самозанятый должен сам устанавливать цены на свои услуги.