Добрый день, Михаил. Вот вы пишите "платить фрилансеру по времени". Да! Только так и надо. Любую задачу (в ИТ) можно оценить с высокой точностью. А если фрилансер не в состоянии выполнить эту элементарную прикидку, то стоит задуматься о его квалификации. Никто же не требует сроков с точностью до секунды. Естественно всегда закладывается погрешность. 10-ки лет по такому принципу все работают, как мне казалось)
Меня больше волнует другой вопрос по тексту. Напишу-ка я его обособлено.

Ответ Вы знаете - никак. Только ориентироваться на оценку программиста. Если вызывает сомнения, то можно оценить у других специалистов, ориентируясь на среднее значение. Разбивка большой задачи на малые - так же по ставке программиста.

Нам в этом плане проще - примерно представляем сколько занимает та или иная задача и, в случае явного завышения, чаще всего программист не верно понял что мы от него хотим, а не хочет явно обмануть.

Если риск на Ваш взгляд сильно велик, то тогда имеет смысл рассмотреть студии с оформлением догвоора, а не частных программистов.