Насчет искуственного создания поддоменов без реальных филиалов немного не понял. А какие у них могут быть реальные филиалы и зачем? Они предлагают услуги онлайн и при этом, представлют их как в столице, так и в регионах, поэтому имеют полное право создавать поддомены по регионам. Смысла создавать поддомены там, где ты не предлагаешь услуги нет никакого. Поэтому тут все логично я думаю и со стороны Яндекса тоже.
Единственное, как мне кажется, к чему Вы можете аппелировать - "Группы сайтов одного владельца или компании, предоставляющие посетителю одни и те же товары или услуги, созданные с целью заполнения нескольких позиций в результатах поиска и сбора трафика." Вот тут да. могут возникать вопросы. Но опять же, из приведенной Вами же статьи не ясно, состоялась ли покупка компании или нет. Видимо, Яндекс тоже пока не владеет такой информацией. Как только будет точно известно, что покупка состоялась, можно будет писать в Яндекс уже предметно, что мол одна и та же компания по сути забивает выдачу. А вообще, если тот же хх является еще и клиентом Яндекс.Директа, то это все еще больше усложнит. Вряд ли Яндекс будет своего клиента рубить в выдаче. 
Ну и тема у Вас тоже, конечно, очень конкурентная. Понятно, что в случае успеха можно неплохо сливки снимать с пенкой. Но Вы же сами понимаете, что конкуренцию сначала надо победить. Я знаю многие агентства по продвижению порекомендовали бы в такой случае Директ. При тех же затратах шансы на больший выхлоп выше