Сначала обращу внимание на проблемы в тексте:

жена едет из Пулково на Яндекс.Таксивозможно вы имели в виду "жена едет в Пулково на такси, заказала через Яндекс", не думайте что я просто придираюсь, потому что так и складывается у людей ощущение (а может вы и сами так думаете) что это такси Яндекса (машина, водитель), что неверно

И Яндекс легализует для таких людей возможность обманывать пассажиров.Голословное обвинение. По вашей логике если я добавлюсь в яндекс такси и пырну ножом пассажира значит Яндекс легализует насилие?

Понимаю что выскажу непопулярное мнение, сказав хотя бы что-то "в защиту" Яндекс, но всё-таки:

многие пользовали не понимают чем пользуются. Яндекс.Go или Яндекс.Такси НЕ ПЕРЕВОЗЧИК.
Водитель — не Яндекса,
автомобиль — не Яндекса,
фирма (таксопарк) или ИП, которые предоставили вам автомобиль (взяли заказ от Яндекса) —не работают в Яндексе, не подчиняются ему.

Но они обязаны выполнять условия соглашения с Яндексом, и естестенно нести ответственность перед клиентом (пассажиром) за оказание услуг.

Внимание: яндекс не оказывал вам услугу за которую вы предъявляете претензии!
Тут меня могут посчитать сотрудником Яндекса или его фанатом/евангелистом, но на самом деле я просто знаком с бизнесом типа "агрегатор" в другой сфере и знаю эту боль со стороны малого (начинающего) предпринимателя.

При том, что Яндекс вообще не обязан НИКАК отвечать на некачественную услугу перевозки пассажира (в этом случае ответственное лицо это перевозчик чьи реквизиты вам показывают в явном виде каждый раз когда вы заказали машину. просто пару тапов по экрану надо сделать), он разумеется пытается не опускать свою репутацию ещё ниже, поэтому часто (думаю у многих было, у меня было) оформит возврат в случае какой-то мелкой ситуации, даже если перечислил таксопарку деньги, и потом будет брать возврат с последнего. Хотя даже этого не должен делать.
В этом случае не стал делать возврат, воспользовался возможностью сделать так как может делать всегда - показать на то, кто отвечает за эту ситуацию на самом деле, по закону и договору.

Я не оправдываю действия водителя и таксопарка. Конечно же описанный обман это гадко, и виновные должны понести наказание. Но вы "не туда воюете", вот и всё.
Яндекс Гоу это услуга по ПОИСКУ и ЗАКАЗУ такси, а не услуга по перевозке вас из точки А в точку Б. 
Приложение глючило? Оно не предоставило вам заказ (водителя), и вы потратили время на заказ впустую? Вот это была бы ответственность Яндекса...