Разве отмена операции должна выполняться как снятие-внесение валюты?

Это зависит не от банка, а от того, как именно проводит возврат банкомат.

Разве клиент должен оплачивать разницу в конвертации валюты при отмене операции?

Если это было сделано не как реверсал авторизации(а тут именно refund отправили), то да.

В таком случае, во избежании похожих ситуаций, может быть вам следует доносить до клиентов

Это вроде как печально известная тема. Чтобы все было предсказуемо, лучше менять валюту и переключать карту на нужный валютный счет. Иначе будьте готовы к комиссиям в ~4.9%(могу ошибаться в размере, но очень походит на правду) в одну сторону.