Процессы всегда строят и контролируют люди. Системы лишь отслеживают и упрощают. Если бизнес уже вырос, пригласите аналитика, дайте задачу руководителям отделов. Но сделать это нужно обязательно. Без структурированных процессов вы получите бесконечную "автоматизацию", т.е. подрядчик растянет сроки внедрения/разработки, сотрудники будут пользоваться другими системами и т.д. Используйте любой инструментарий, который будет воспринят людьми — от корпоративной "Википедии" до BPMN. Главное, чтобы было понятно.