Для того же вроде и используется бумажная упаковка

Зачем убирать следы мух? Это белок.

Ну если походить к вопросу строго научно отбросив ложную брезгливость, то в мухах и пыли нет ничего дурного кроме патогенных микроорганизмов. 

Патогены условно можно разделить на планктонные бактерии, липидные вирусы, нелипидные вирусы, споры и грибы. Планктонные бактерии, вирусы (как липидные, так и нелипидные) быстро ~2-3 минуты погибают при температуре более 70 градусов. Остаются грибы и споры, но грибы очень медленно растут и нормальная иммунная система с ним справляется, а споры все-таки некоторая экзотика для пищевой промышленности.

Так что строго научно, то ошпаривая лапшу кипятком 5-7 минут она будет достаточно безопасна даже с остатками пыли и мух.