Основным недостатком технологии MO можно назвать, невозможность учета в модели всех факторов, так или иначе оказывающих влияние на результат. Модель включает в себя наиболее важные из них. В связи с этим, результат реализации решения МО, в большинстве случаев, незначительно отличается от его расчетных значений. Однако, данная проблема может быть минимизирована, введением в модель статистических поправочных коэффициентов в процессе эксплуатации модели.