Это немного разные инструменты. 
Договор-счет-акт как правило для разовых работ на небольшие суммы.
Этот договор более универсален, более понимаем и принимаем контрагентом, в нем больше возможности для маневра. 
Ну и рамочный характер позволяет согласовать его, далее просто направляя приложения.
Вот кстати при должных умениях можно приложение переделать в приложение/счет, чтобы не подписывать его.